پس از مرگ مظفرالدین شاه در سال ١٢٨٥ خورشيدي، ولیعهد او؛ محمدعلی میرزا شاه شد و از همان ابتدا به مخالفت با مشروطه و مجلس پرداخت و در مراسم تاجگذاری خود نمایندگان مجلس را دعوت نکرد.
به علاوه نمایندگان دورهٔ اول مجلس، که با حرارتی تمام برای اصلاح اوضاع ایران می‌کوشیدند، با راندن مسیو نوز رئیس کل گمرک و وزیر خزانه از خدمت، در مقابل سیاست روسیه که از او جداً حمایت می‌کرد، غالب آمدند. روس‌ها شاهِ تازه را در دشمنی با مجلس و مشروطه روز به روز بیشتر تقویت نمودند تا آن جا که محمدعلی شاه، مشیرالدوله را از صدارت برکنار کرد و امین السلطان (اتابک اعظم) را که سال‌ها صدراعظم دوره استبداد بود از اروپا به ایران فراخواند و او را صدراعظم کرد.
او كه از امضای قانون اساسی سر باز زد، پس از اعتراضات مردم به ویژه در تبریز، ناچار دستخطی صادر کرد و قول همراهی با مشروطه را داد؛ ولی هم شاه و هم اتابک اعظم همچنان به مخالفت با مشروطه و مشروطه‌خواهان مشغول بودند.
نشریه هفتگی صوراسرافیل در این دوران منتشر می‌شد و نقش مهمی در تشویق مردم به آزادی‌خواهی و مقابله با شاه و درباریان طرفدارش داشت. عاقبت، اتابک اعظم به دست عباس آقا تبریزی ترور و کشته شد.
از جمله عوامل اختلاف بین شاه و مشروطه خواهان طرح اتهام زنا و فحشا از سوی برخی مشروطه خواهان به مادر شاه، تاج‌الملوک، بود. بخصوص سید محمدرضا مساوات شیرازی تا جایی پیش رفت که طوماری تهیه کرد و شاه را زنازاده خواند.
با توجه به ناقص بودن قانون اساسی مشروطه که با عجله تهیه شده بود مجلس متمم قانون اساسی را تصویب کرد که در آن به‌طور مفصل حقوق مردم و تفکیک قوا و اصول مشروطیت آمده بود. محمدعلی شاه به مجلس رفت و سوگند وفاداری یاد کرد. پس از چند روز او و دیگر مستبدان با همراهی شیخ فضل‌الله نوري (كه خواهان حكومت مشروعه بود)، عده‌ای را علیه مجلس در اطراف آن جمع کردند و به درگیری با نمایندگان و مدافعان مجلس پرداختند. با بمبی که یاران حیدرخان عمواوغلی به کالسکه حامل محمدعلیشاه انداختند. از آن پس، او به مقابله جدی با مجلس پرداخت و به باغشاه رفت و بریگاد قزاق را برای مقابله با مجلس آماده کرد.
در سال ۱۲۸۷ خورشیدی (۱۳۲۶ قمری)، محمدعلیشاه قاجار پس از آن که با مشروطه‌خواهان و مجلس از در مخالفت درآمد، مرکز فرماندهی خود را در باغشاه قرار داد، شاه با این کار می‌خواست از شهر بیرون رفته و در باغشاه لشکر بیاراید و به آسانی با مشروطه نبرد کند. محمدعلیشاه دستخطی بدین شرح داد:
«جناب اشرف مشیرالسلطنه، چون هوای تهران گرم و تحملش بر ما سخت بود از اینرو به باغشاه حرکت فرمودیم، پنجشنبه ۴ جمادی‌الاولی، عمارت باغشاه.»
سپس هشت تن از آزادیخواهان را براي تبعيد از ايران فراخواند که تعدادي از آنان عبارت بودند از: جهانگیرخان صور اسرافیل، سید محمدرضا مساوات شیرازی، ملک المتکلمین، سید جمال‌الدین واعظ اصفهانی، بهاءالواعظین و میرزا داودخان.
به توپ بستن مجلس
جمال‌الدین واعظ همراه با ملک المتکلمین رهبریِ گروه‌های بزرگی از مشروطه‌گرایان را به عهده داشتند.
ولی مجلس با درخواست شاه برای تبعید برخی از مشروطه‌خواهان مخالفت کرد. سرانجام در اثر ایستادگی و سرپیچی مجلس از فرمان شاه، محمد علي شاه بالاخره با فرستادن کلنل لیاخوف فرمانده بریگاد قزاق حمله به مجلس را آغاز کرد. لیاخوف با نیروهایش مجلس را محاصره کردند و ساختمان مجلس و مدرسه سپهسالار را در ۲۳ جمادی‌الاول ۱۳۲۶ (۲ تیر ۱۲۸۷/۲۳ ژوئن ۱۹۰۸) به توپ بستند.
وکلا از مجلس پراکنده شدند و عده زیادی از مدافعان مجلس در این حمله کشته شدند. محمدعلی شاه لیاخوف را به حکومت نظامی منصوب کرد و به تعقیب نمایندگان و دیگر آزادیخواهان پرداخت. ملک المتکلمین و میرزا جهانگیرخان و قاضی ارداقی را در باغشاه پس از شکنجه در برابر محمدعلی شاه کشتد.
شکست در تهران
پس از حمله به مجلس و دستگیری و اعدام آزادیخواهان، جنبش مشروطه خواهی با شکست روبه‌رو شده بود. بسیاری از مشروطه خواهان مخفی شدند و برخی به خارج از ایران رفتند. از جمله مهم‌ترین دلایل شکست مشروطه خواهان متفرق شدن نیروهای محافظ مجلس بود که برخی از وکلا برای آن که بهانه به دست شاه ندهند نیروهای محافظ مجلس را متفرق کردند و حتی مهمات و اسلحه‌ای که برای دفاع در نظر گرفته شده بود را از مجلس خارج کردند و با این کار به‌طور غیر مستقیم زمینه شکست مدافعین مجلس را فراهم کردند.
شکست در تهران، شروع دوره‌ای بود که به استبداد صغیر مشهور است.
قیام در تبريز
پس از حمله به مجلس و پخش خبر آن، در شهرهای دیگر ایران شورش هائی برخاست. مردم تبریز با شنیدن خبرهای تهران به هواداری از مشروطه و مخالفت با محمدعلی شاه برخاستند. انجمن تبریز عملاً جایگزین مجلس ملی شده بود. شاه نیروهای دولتی را برای سرکوب فرستاد. علی مسیو، ستارخان، باقرخان و حیدرخان عمواوغلی درتبریز به بسیج مردم و سازمان دهی نیروی مسلح (مجاهدین مشروطه) برای مقابله با نیروهای دولتی کمک می‌کردند. در مدت یازده ماه یعنی از ۲۰ جمادی‌الاول ۱۳۲۶ ق تا هشتم ربیع‌الثانی ۱۳۲۷ ق مردم تبریز به سرکردگی ستارخان در مقابل بیش از سی هزار نیروی مهاجم به فرماندهی عین الدوله و صمد شجاع الدوله و شجاع نظام مرندی مقاومت کرد. گروهی از ایرانیان قفقاز نیز به مردم تبریز پیوستند و به مجاهدان قفقاز معروف شدند. علی مسیو از یاران حیدرخان عمواوغلی و یارانش هم دستهٔ مجاهدان تبریز را تشکیل دادند.
محمدعلیشاه از تزار روسیه نیکلای دوم درخواست کمک کرد و تبریز به محاصره نیروهای روس و نیروهای دولتی درآمد. سردار یارمحمدخان کرمانشاهی که از فعالان مشروطه بود به یاری ستارخان و باقرخان شتافت. وی بعداً به وسیله عبدالحسین میرزا فرمانفرما حاکم کرمانشاه و عامل حکومت مرکزی در ۱۳ مهر ۱۲۹۱ ه.ش به قتل رسید. در آذربایجان، در پی بسته شدن راه تبریز – جلفا، و محاصره کامل تبریز از طرف قوای شاه، گرسنگی و قحطی هولناکی بر مردم روی آورد و کار بر آزادی خواهان سخت شد. پس از حدود ۱۰ ماه محاصره و در شرایطی که آذوقه شهر به پایان رسیده و بسیاری از مردم از گرسنگی جان می‌باختند، با همت حدود ۱۵۰ نفر از جوانان شهر که بیشترشان از دانش‌آموزان مدرسه مموریال بودند، به رهبری هوارد باسکرویل که یکی از معلم‌های آمریکایی همان مدرسه بود، گروه فوج نجات تشکیل شد. در سحرگاه روز ۳۰ فروردین ۱۲۸۸(۱۳۲۷ هق) با حمله به لشکر محاصره کنندگان، هوارد باسکرویل فرمانده گروه به ضرب گلوله کشته شد. عدهٔ دیگری از آن‌ها نیز کشته شده و پیشروی کمی حاصل شد. میرزا محمدعلی خان بن قنبرعلی اصفهانیِ سدهی معروف به سروش اصفهانی تحت تأثیر رشادت‌های آنان، ترجیع بندی طولانی را با تکرار مصرّعیِ زیر سرود. (یک گل نصرانی اشاره به باسکرویل است)
سیصد گل سرخ، یک گل نصرانی
مارا ز سر بریده می‌ترسانی؟
ما گر زسر بریده می‌ترسیدیم
در محفل عاشقان نمی‌رقصیدیم
در اوایل ربیع‌الثانی سال ۱۳۲۷ ه.ق (اردیبهشت ۱۲۸۸ ه. خ) دولتین روس و انگلیس موافقت کردند که قشون روس به بهانه شکستن خط محاصره و حمایت از اتباع بیگانه، و رساندن خواربار به آنان وارد تبریز شود. با ورود سپاهیان روس محاصره تبریز شکست و نیروهای شاه از شهر دور شدند. اما خاتمه کار تبریز به معنی پیروزی ارتجاع نبود و کوشش آزادیخواهان در نقاط دیگر ایران همچنان ادامه یافت.
قیام گیلان
در این اوقات کمیته «ستار» در گیلان تشکیل شده بود. یپرم‌خان با مشروطه‌خواهان هم پیمان شد و جوانان ارمنی را برای نهضت بسیج کرد. در همین هنگام محمدولی خان تنکابنی از تبریز بازگشته بود. کمیته ستار با او مذاکره کرد و او را راضی کرد با نیروهایش برای پیروزی جنبش مشروطه به مبارزه برخیزد. در روز ۱۹ بهمن ۱۲۸۷ انقلابیون به کمک محمدولی خان تنکابنی ویپرم‌خان حاکم رشت آقابالاخان را کشتند و شهر را تسخیر کردند. پس از آن تمام گیلان به تصرف آزادی خواهان درآمد. به موجب این پیروزی آن‌ها رونوشتی به سفرای خارجی نوشتند که نزاعی با شاه ندارند و فقط در صدد احیای مشروطه‌اند. صدای انقلاب رشت به گوش شهرهای دیگر ایران و کشورهای آزاد جهان رسید و باعث دلگرمی مجاهدان تبریز شد. ستارخان و باقرخان تلگرافهای مهیجی ارسال کردند و متحصنین سفارتهای عثمانی و انگلیس به جشن پرداختند.
پس از این شاه قشونی برای تصرف گیلان فرستاد. قشون او در قزوین اردو زدند و پس از رسیدن نیروهای بیشتر به سمت شمال حرکت کردند ولی در ۳۰ کیلومتری رشت خبر رسید نیروهای دولتی رشیدالملک در حاشیه دریا از مجاهدان شکست خورده‌اند و این خبر باعث دلسردی آن‌ها شد و آن‌ها به قزوین عقب‌نشینی کردند.
در سوی دیگر ایران، شهر اصفهان در نیمه دیماه به تصرف مشروطه خواهان بختیاری درآمد. بعد از آن تعدادی از آزادی خواهان تهران به اصفهان رفتند و با سردار اسعد بختیاری که به تازگی از پاریس بازگشته بود مذاکره کردند و اطمینان دادند قاطبه مردم تهران طرفدار مشروطه‌اند.
قیام بختیاریها و نجات مشروطه
قوم لر بختیاری به ایلخانی سردار اسعد بختیاری به پا خواستند و از مناطق بختیاری و همچنین از اصفهان که بختیاریهای زیادی ساکن آنجا هستند و در آن زمان هم صمصام السلطنه بختیاری حاکم اصفهان بود با شجاعت ایلیاتی بختیاریها با سواران زیادی راهی تهران شده تا به دل مشروطه زده و به جای آنکه دور بمانند و از دور شاهد و حامی مشروطه باشند در دل مشروطه و پایتخت به نبرد با استبداد بپردازند. علیقلی خان سردار اسعد که در آن هنگام در فرانسه مشغول معالجات چشم خود بود، در پاریس با تعدادی از مشروطه‌خواهان ارتباط تنگاتنگی داشت و خود نیز از مشروطه‌خواهان بود، به اصفهان آمد. در حالی که در تبریز مجاهدین در محاصره قوای دولتی و همدستان خارجی آن بودند، در اصفهان اعتراضات به بست‌نشینی عده‌ای انجامید و قوای لر بختیاری که در آن هنگام توسط صمصام السلطنه بختیاری که از ایلخانان بختیاری و حاکم اصفهان بود، صمصام السلطنه رهبری می‌شد بسیج شده و به سوی اصفهان حرکت کردند. با پیوستن قوای لر بختیاری کار بالا گرفت. نجف قلی خان صمصام‌السلطنه ایلخان لر بختیاری با نیروی مسلح زیادی به اصفهان وارد شد. ایل بختیاری با حرکت به سوی تهران و با همراهی مجاهدین شمال به فرماندهی محمد ولي خان تنكابني (ملقب به سپهدار اعظم) که در نزدیکی تهران به هم پیوستند، پس از شکست مقاومت نیروهای استبداد صغیر موفق به فتح تهران و شکست استبداد صغیر شدند.
استبداد صغیر به دوره‌ای یک ساله از تاریخ سیاسی ایران اطلاق می‌شود که از تیر ۱۲۸۷، با به توپ بستن مجلس شورای ملی توسط محمدعلی شاه آغاز گردید و در تیرماه ۱۲۸۸ با فتح تهران توسط مشروطه‌خواهان و پناهنده شدن محمدعلی شاه به سفارت روسیه پایان یافت.